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自民國七十九年一月一日起，證券交易所得停止課徵所得稅，但證券交易損失亦不得自所得額中減除，因此，出售股票除了繳納證券交易稅以外，就沒有其他稅捐負擔了。不過，依據相關法令及解釋，只有依法發行的股票，才符合「有價證券」的定義，其買賣之所得才合於免稅規定，所以，在實際運用上應該注意：
一、被投資公司如果是「有限公司」，若有差價所得必屬於財產交易所得，不得適用證券交易所得免稅規定，一定要列入所得額課稅，因為，有限公司依法不能發行股票，即使依公司法規定發給股單，仍非屬稅法所規定 之「證券」範圍，當然，出售時也不必繳納證券交易稅了！
二、被投資公司即使是「股份有限公司」，也必須已依法發行股票，而且股票必須是經過指定的金融機構簽證，否則，仍將因未完成法定發行程序，而非屬稅法所規定 之「證券」範圍，若有差價所得自然不得適用證券交易所得免稅規定，而應歸屬於財產交易所得申報課稅；可以實際檢視股票上金融機構簽證鋼印，也可以到商業司網站線上查詢股票簽證情形。此外，經由證券商買賣股票，則證券商會負責扣繳證券交易稅款，如果是買賣方直接交易，則買方應該扣繳證券交易稅款。
三、轉讓價格與股權的價值明顯不相當、受讓者為二親等內親屬或被監護人，可能涉及贈與稅的問題，後者必須舉證受讓者支付價金及其資力能力（即資金來源）的證明，以排除贈與的推定，至於股權價值的認定，在上市上櫃股票以交易當日收盤價為準，未上市上櫃股票以交易當日資產淨值（注意：如被投資公司持有土地、其他公司股權等資產，須視帳列價值依規定調整，另外未分配盈餘也要按國稅局核定數調整）為準，若轉讓價格低於股權價值就有可能被列入調查，在實務上各國稅局的選案標準不一定相同，以台北市國稅局為例，選案標準大約是：（一）二親等內親屬間移轉財產價金差額在新台幣（以下同）一百五十萬元以上，且差額幅度達二十％者。（二）二親等以外親屬或非親屬間移轉財產價金差額在新台幣一千萬元以上，且差額幅度達一倍者。